Les missions paroissiales ont pris au fil des ans des formes de plus en plus précises. Pendant plusieurs semaines, des prêtres d’un institut en lien avec le clergé local, séjournent dans une paroisse et mettent tout en œuvre pour renouveler l’esprit du christianisme : par la catéchèse selon les âges et les états de vie, par les prédications et les prières communes, par une démarche de pèlerinage… Le fruit attendu de ces missions est l’accueil en confession du plus grand nombre possible de fidèles ; ainsi, chacun est touché personnellement.

Par principe, les missions sont gratuites pour la paroisse qui en bénéficie. Une ligne de conduite commune aux réformateurs du XVIIème siècle est de choisir en priorité les lieux les pauvres. Elles sont financées par des dons et par des fondations qui rapportent des revenus réguliers liés à une terre ou une exploitation. Le P. Eudes s’est allié de riches personnages de son temps pour l’aider dans ces démarches. La Compagnie du Saint-Sacrement a joué un rôle majeur dans le “ défraiement ” des missions ainsi que de nombreux évêques. Certains de ces bienfaiteurs étaient par ailleurs, pour Jean Eudes, des interlocuteurs privilégiés et de fidèles soutiens, comme Gaston de Renty, Jacques Blouet de Camilly (son fils aîné, Jean-Jacques sera le successeur de Jean Eudes à la tête de la Congrégation de Jésus et Marie), Jean de Bernières…

Les missions sont encouragées par le pouvoir royal pour redonner espoir et vie au Royaume de France, ravagé par les guerres de religion du siècle précédent. Ce début de siècle à beau bénéficier de l’Edit de Nantes, la paix civile reste fragile. Divers conflits politiques ou sociaux secouent encore le pays au XVIIème : la révolte normande des nu-pieds et sa répression féroce en 1639, la Fronde en 1651... C’est aussi le temps de la montée et de la diffusion des idées de Jansénius.
Jean Eudes commence très tôt dans les missions paroissiales, dès 1628, trois ans après son ordination (20 décembre 1625). Peu à peu, il enrichit les missions de nouvelles méthodes, avec des prières en famille, ou bien des réunions pour les prêtres.

Ces missions tiennent une place remarquable dans la vie de Jean Eudes, non seulement par leur nombre – au moins 117 – mais également par ce qu’elles suscitent en lui. C’est là, dans le contact familier avec tant de personnes, dans les villes et plus encore les campagnes, que Jean Eudes se rend compte de la vie des hommes et des femmes de son siècle, avec leurs pauvretés et leurs attentes. Il voit aussi l’indigence de la foi. Ce qu’il va mettre en œuvre par la suite voudra répondre aux appels discernés lors des missions.