Lors de ses missions, Jean Eudes voit la misère de nombreuses femmes, en particulier les prostituées, qui attendent une main tendue pour retrouver la dignité de leur vie. C’est un souci du temps, porté particulièrement par les membres de la Compagnie du Saint-Sacrement nouvellement fondée, en 1627. Des “ refuges ” sont ouverts à Paris et dans quelques grandes villes de Province. Ce sont des maisons qui accueillent des femmes meurtries et rejetées ; les moyens de se réinsérer dans la société leur sont enfin donnés.

Dès 1634, Jean Eudes est en relation avec Jean de Bernières - qui sera plus tard, à Caen, un des fondateurs de la Compagnie du Saint-Sacrement. Tous deux projettent l’ouverture d’une telle maison. Il a fallu attendre 1641, et une vive interpellation en pleine ville de Caen pour décider d’aller plus loin qu’un simple accueil à domicile. C’est une véritable maison pour accueillir, loger et instruire qu’il faut ériger.
Avec de nombreux appuis humains et financiers, une maison du refuge est ouverte. Les débuts ne sont pas faciles, car il y a des hésitations sur le statut à donner à celles qui assurent le service des femmes. Les Visitandines jouent alors un rôle majeur, à travers la robuste figure de Mère Françoise-Marguerite Patin. Elle transmet l’expérience religieuse de la Visitation, avec les règles écrites par François de Sales. Jean Eudes reprend ce bel héritage et le traduit avec ses accents propres.

Doté de Constitutions, un nouvel institut est érigé à Caen en 1651 : l’Ordre de Notre-Dame de Charité. Il connaîtra une certaine expansion du vivant du fondateur. Après des débuts difficiles, des monastères sont ouverts à Rennes puis en d’autres villes de Bretagne. Le projet de Paris mettra plus de temps à s’accomplir.