Jean Eudes a acquis une belle renommée, non seulement à Caen et en Normandie où l’archevêque de Rouen le nomme supérieur des missions de toute la région, mais aussi dans les milieux religieux de France. Ainsi, à cette époque Jean-Jacques Olier, le fondateur de la Compagnie de Saint-Sulpice, parle de lui comme “ ce grand prédicateur, le Père Eudes, la rareté de son siècle ”. Au sein de sa Congrégation, Jean Eudes a une position reconnue et établie ; il possède une solide expérience de 20 ans, il a été élu délégué à l’assemblée générale de l’Oratoire, il est supérieur de sa communauté de Caen. Il a devant lui un bel avenir, mais une question le taraude, depuis longtemps : que faut-il faire pour que les fruits des missions deviennent des semences durables ? Sa première intuition est la bonne : c’est du côté des prêtres qu’il faut agir. Jean Eudes les réunit lors des missions, comme le fait de son côté Vincent de Paul. Ce dernier ouvre un séminaire à Paris en 1642 ; l’Oratoire fonde trois séminaires à Paris (Saint-Magloire), Rouen et Toulouse. Jean-Jacques Olier avait établi un séminaire à Vaugirard l’année précédente. Pourquoi ne pas ouvrir également à Caen un séminaire d’ordinands ? Mais ce ne sont pas là les projets du nouveau supérieur général, le P. Bourgoing. Les propositions présentées par le Père Eudes sont refusées, et la décision semble sans appel. Pour Jean Eudes, c’est devenu un devoir impérieux ; ne pas l’accomplir serait désobéir à la volonté de Dieu. Il note lui-même que sa décision le “ tire d’un péril évident où (il était) de se perdre ”.

Le 19 mars 1643, il quitte la maison de l’Oratoire sans prévenir ses confrères. Avec cinq compagnons, des prêtres diocésains, il se rend dans une maison proche de sa communauté. Le pas est franchi, reste à fonder. Aussi, le 24 mars, de nuit, se rendent-ils au sanctuaire Notre-Dame de la Délivrande à quelques kilomètres de Caen. Les compagnons prient et célèbrent la fête de l’Annonciation, et s’en remettent à la Providence pour l’établissement du séminaire de Jésus et Marie. Jean Eudes a toujours aimé les symboles, en particulier ceux liés aux dates. Ce 25 mars, jour du commencement du dessein de Dieu de venir en notre chair, devient le premier jour de la réalisation d’un projet, comme une naissance porteuse de tant de promesses. Jean Eudes a prémédité son départ, car il a en sa possession les pièces officielles, notamment les lettres patentes signées par le Cardinal-duc de Richelieu lui-même. Jean Eudes a bien l’intention d’établir une société de prêtres au service des évêques diocésains pour assurer, selon l’expression du temps, les “ exercices des missions ” et les “ exercices des séminaires ” en formant de “ bons ouvriers de l’Evangile ”, des “ pasteurs selon le cœur de Dieu ”.

Les premières semaines de la nouvelle fondation ne se passent pas au séminaire ; ces prêtres sont avant tout des missionnaires. Ils repartent sur le terrain, à Valognes précisément, où les fruits sont aussi nombreux que les participants ; Jean Eudes en dénombre quarante mille ! Il y voit la main de Dieu qui confirme son entreprise audacieuse. Revenue à Caen, l’équipe commence l’accueil des futurs prêtres et des prêtres qui souhaitent recevoir une formation complémentaire. Le travail au sein d’un séminaire de ce temps consiste avant tout en une retraite spirituelle et l’acquisition de rudiments pour la vie pastorale. C’est une forme qui évoluera assez vite en maison de formation pour les futurs prêtres. La “ petite congrégation ” - selon l’expression du fondateur - est née. Ils sont tous animés de cette flamme que donne la conviction de réaliser le dessein de Dieu.