Mais ce temps de genèse est aussi celui des épreuves. Jean Eudes compte parmi ses détracteurs, - qu’il appelle ses “ bienfaiteurs ” - des membres de l’Oratoire qu’il a quitté, et des jansénistes qui ne lui pardonnent pas ses appels à la Miséricorde et son lien avec Marie des Vallées. Les armes qu’ils utilisent contre Jean Eudes sont insidieuses ; ce ne sont pas des affrontements de face, mais des manœuvres auprès de ceux qui ont le pouvoir de remettre les documents officiels nécessaires pour accomplir les missions et ouvrir les séminaires. Entre le Parlement de Normandie, le pouvoir royal, les Evêchés et même le Saint-Siège, Jean Eudes est à la merci d’une influence néfaste, et il en subit les conséquences à plusieurs reprises. Ainsi, en 1650, l’Officialité de Bayeux ordonne la fermeture du nouveau séminaire et appose les scellés sur les portes de la chapelle. Tout semble compromis, Les membres du séminaire de Jésus et Marie n’ont plus qu’à partir. Mais une porte s’ouvre, dans le diocèse voisin de Coutances : un séminaire est fondé à la demande de Mgr Claude Auvry, et sa direction est confiée à Jean Eudes et ses compagnons. Ils ne pourront rentrer à Caen que trois ans plus tard, et dans la même foulée, à Lisieux, un 3ème séminaire et la direction d’un collège sont confiés à ceux qui seront appelés Eudistes par les moqueurs.

Lors de la réouverture du séminaire de Caen, Jean Eudes exulte, et il voit la Miséricorde de Dieu à l’œuvre pour sa fragile fondation : il s’écrit “ nous sommes les missionnaires de la divine Miséricorde, envoyés par le Père des miséricorde pour distribuer les trésors de sa miséricorde aux misérables ” [OC X p. 399], et fait ajouter dans plusieurs prières, dont la salutation au Cœur de Jésus et Marie, l’adjectif “ miséricordieux ”. Son œuvre est maintenant consolidée et se poursuit à Rouen (1659), Evreux (1667) et Rennes (1670)

Et les missions continuent : tout le territoire du Cotentin, Rennes, la Bourgogne et jusque dans la région parisienne à Corbeil, Paris, et encore à la Cour du Roi Louis XIV. Elles constituent l’essentiel de l’emploi du temps de Jean Eudes. Il les effectue bien sûr avec ses confrères mais aussi en collaboration avec d’autres instituts et les prêtres diocésains. Pour eux, il écrit de nombreux ouvrages, d’un usage pratique assez immédiat. Ce sont des manuels pour les confesseurs, les prédicateurs, pour servir la messe ou encore faire le catéchisme : Le Catéchisme de la Mission en 1642, Le bon Confesseur en 1666. Il faut ajouter Le Mémorial de la vie ecclésiastique et Le Prédicateur apostolique publiés après sa mort, respectivement en 1681 et en 1685. L’attention que le Père Eudes porte aux prêtres concerne leur formation, mais plus profondément leur vie et leur mission. Il exalte la grandeur du ministère sacerdotal, qui revient de loin et a effectivement besoin de retrouver un chemin de dignité.