Cette fête a le goût d’un accomplissement et d’une plénitude, mais la vie continue avec ses soucis, spécialement celui de la reconnaissance de la Congrégation de Jésus et Marie par les instances romaines. La reconnaissance de l’ordre de Notre-Dame de Charité avait été acquise en 1665. Mais Jean Eudes avait essuyé un refus pour sa congrégation de prêtres en 1662. M.. Jacques de Bonnefond est envoyé sur place par le Père Eudes, mais le pauvre émissaire est accueilli avec tiédeur. Les adversaires de Jean Eudes sont à l’œuvre ; ce sont quelques oratoriens qui ne lui pardonnent ni sa fugue ni ses succès. Les portes se ferment à Rome mais il n’y a pas de refus clair et net, car Jean Eudes a la bonne oreille de Louis XIV, surtout depuis ses deux passages à la Cour pour des missions en 1671 et 1673. Aussi, le meilleur moyen de “ couler ” Jean Eudes est-il de le discréditer aux yeux du Roi. Usant de nombreuses manœuvres, les Oratoriens font transmettre au Roi-Soleil la copie d’une supplique déposée en 1662 par un envoyé de Jean Eudes un peu trop zélé, M. Boniface. Dans cette supplique, il est dit que la congrégation fondée par le Père Eudes s’engage à faire le vœu de soutenir en tout l’autorité du Pape, même dans les cas douteux. Dans une période où les relations entre le pape et le Roi de France sont chaotiques, un tel engagement met à mal le soutien royal envers Jean Eudes. Malgré de nombreux soutiens et interventions, cette lettre vaut la disgrâce au missionnaire normand. Il est interdit de séjour à Paris par le ministre Colbert, et l’avenir devient inquiétant. Il a échappé de peu à la prison. Et ce n’est pas fini.
Les divers “ bienfaiteurs ” de Jean Eudes, jansénistes et autres, se déchaînent. Avec à leur tête Charles du Four, abbé commendataire d’Aunay, ils diffusent un libelle infamant qui jette le soupçon sur le culte voué par Jean Eudes à Marie des Vallées. Celle-ci était morte en 1656. Jean Eudes dans un geste surprenant avait fait enlever le corps de la “ sainte de Coutances ” du caveau de l’église paroissiale où il reposait pour le transporter dans la chapelle du séminaire. Ce geste avait provoqué de violentes réactions contre Jean Eudes. Le titre de l’écrit, publié anonymement, en dit long : Lettre à un docteur de Sorbonne sur le sujet de plusieurs écrits composés de la vie et de l’état de Marie des Vallées du diocèse de Coutances . Il n’y a pas à s’attarder sur ces attaques grotesques mais le trouble est jeté ; des appuis, y compris financiers s’amenuisent, et il faut l’intervention d’une commission composée de plusieurs évêques pour disculper le vieux missionnaire.
Jean Eudes ne s’est pas défendu en attaquant ; il a préféré le silence comme son Seigneur et Maître. Il repart en mission, car finalement c’est ce qui lui importe le plus. Il y retrouve un certain dynamisme. Surtout, que toutes les nouvelles ne sont pas mauvaises. M. de Bonnefond, le pauvre émissaire, s’il n’a pas l’approbation attendue, s’en revient d’une part avec l’autorisation pontificale d’organiser des missions dans tout le Royaume de France, et d’autre part avec l’autorisation d’établir dans les séminaires une confrérie du Cœur de Jésus et de Marie. Voilà à n’en pas douter une reconnaissance qui redonne du cœur à l’ouvrage.
Mais la disgrâce lui pèse, et plus encore le souci de l’avenir pour sa petite congrégation. Le contexte devient plus favorable car le Roi a décidé d’en finir avec les Jansénistes qui menacent l’unité du Royaume ; il encourage donc tous ceux qui peuvent les combattre d’une manière ou d’une autre. Jean Eudes écrit au confesseur du Roi, un jésuite, le Père de la Chaise. La médiation porte des fruits. Le 16 juin 1679, au château de Saint-Germain, Jean Eudes est reçu par Louis XIV qui lui adresse des paroles de réconfort et d’encouragement : “Continuez à travailler comme vous faites. Je vous servirai et protégerai dans toutes les occasions qui se présenteront ”. Mais sur le chemin du retour, une nouvelle épreuve est à subir : la santé de Jean Eudes est mise à mal, et il comprend que cela aussi lui échappe, et qu’il ne pourra plus assurer son ministère des missions.
